Rocznik 1963. Urodził się w Gnieźnie. Ukończył miejscową szkołę podstawową, a następnie II Liceum Ogólnokształcącego (obecnie im. Dąbrówki). Po zdaniu matury wstąpił do Prymasowskiego Wyższego Seminarium Duchownego w Gnieźnie. Święcenia kapłańskie przyjął w katedrze gnieźnieńskiej 4 czerwca 1988 r. z rąk Prymasa Polski kard. Józefa Glempa. 1 lipca 1988 r. został mianowany wikariuszem w parafii farnej pw. św. Marcina i Mikołaja w Bydgoszczy (obecnie katedra bydgoska).

Wypełniał także obowiązki kapelana i sekretarza bp. Jana Nowaka, wówczas biskupa pomocniczego gnieźnieńskiego, wikariusza biskupiego Prymasa Polski dla miasta Bydgoszczy, późniejszego biskupa siedleckiego. W 1989 r. został skierowany na studia specjalistyczne z zakresu prawa kanonicznego na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, które zakończył uzyskaniem tytułu doktora nauk prawnych w zakresie prawa kanonicznego. Po ukończeniu studiów specjalistycznych wrócił do archidiecezji gnieźnieńskiej, gdzie w 1994 r. abp Henryk Muszyński mianował go rzecznikiem prasowym oraz referentem ds. środków społecznego przekazu Kurii Metropolitalnej w Gnieźnie. Pełnił także obowiązki ojca duchownego w Prymasowskim Instytucie Teologicznym w Gnieźnie. W latach 1995-2012 pełnił obowiązki kanclerza Kurii Metropolitalnej w Gnieźnie. W ramach prac przygotowawczych do synodu diecezjalnego kierował pracami komisji ds. struktur kościelnych. Pełnił również obowiązki sekretarza komisji organizacyjnej ds. Jubileuszu 1000-lecia śmierci św. Wojciecha oraz Archidiecezjalnego Komitetu Pielgrzymki Papieskiej w 1997 r. Był przewodniczącym Międzydiecezjalnej Komisji Historycznej archidiecezji gnieźnieńskiej i diecezji bydgoskiej.

Z początkiem roku akademickim 1997/98 powierzono mu wykłady z zakresu prawa kanonicznego w Prymasowskim Wyższym Seminarium Duchownym w Gnieźnie i Prymasowskim Instytucie Teologicznym w Gnieźnie. Od 2008 r. był adiunktem Wydziału Teologicznego Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Jest autorem kilkunastu artykułów naukowych i popularnonaukowych oraz promotorem dziesięciu prac magisterskich. Jest również autorem książki: „Działalność ustawodawcza kardynała Stefana Wyszyńskiego, jako Arcybiskupa Gnieźnieńskiego” i współredaktorem książki „Kanonicy Kapituły Katedry Gnieźnieńskiej 1918-2009”, za którą otrzymał nagrodę Towarzystwa Miłośników Gniezna. Należy do Stowarzyszenia Kanonistów Polskich. Należał również do rady programowej gazety diecezjalnej, radia diecezjalnego oraz Archidiecezjalnej Komisji Liturgicznej. W latach 2007-2011 był przewodniczącym Rady Nadzorczej Prymasowskiego Wydawnictwa „Gaudentinum”. Od 2009 do 2012 r. należał do Rady Programowej Instytutu Prymasa Józefa Glempa.

W latach 2000-2012 był sędzią Trybunału Metropolitalnego w Gnieźnie. Od 2001 do 2012 r. pełnił funkcję delegata arcybiskupa gnieźnieńskiego do wizytowania parafii dziekańskich. W latach 1995-2008 był ceremoniarzem bazyliki prymasowskiej w Gnieźnie. W 2000 r. został mianowany kanonikiem honorowym, a cztery lata później kanonikiem gremialnym Kapituły Prymasowskiej Archikatedry Gnieźnieńskiej. Należał do grona Kolegium Konsultorów, Rady Kapłańskiej i Rady Duszpasterskiej Archidiecezji Gnieźnieńskiej.

Od 1 stycznia 2011 r. pełnił funkcję moderatora Kurii Metropolitalnej w Gnieźnie. Z dniem 1 października 2012 r. Prymas Polski abp. Józef Kowalczyk powierzył mu obowiązki wikariusza generalnego archidiecezji gnieźnieńskiej. 24 listopada 2012 r. została ogłoszona jego nominacja na biskupa pomocniczego archidiecezji gnieźnieńskiej. Jego biskupią dewizą są słowa state in fide (trwajcie mocno w wierze) zaczerpnięte z 1 Listu św. Pawła Apostoła do Koryntian. Sakrę biskupią przyjął 22 grudnia 2012 r. w katedrze gnieźnieńskiej z rąk Prymasa Polski abp. Józefa Kowalczyka. Jest członkiem Rady Prawnej KEP, członek Kościelnej Komisji Konkordatowej i przewodniczącym Zespołu Roboczego ds. Nowelizacji Statutu i Regulaminu KEP.

27 kwietnia 2021 r. została ogłoszona decyzja Ojca Świętego Franciszka o mianowaniu biskupa Krzysztofa Wętkowskiego 77. biskupem włocławskim.

7 czerwca 2021 r. ks. bp Krzysztof Wętkowski kanonicznie objął diecezję włocławską. 19 czerwca 2021 r. odbył się ingres do katedry włocławskiej.